निजी क्षेत्रको उच्चतम सहभागीतामा कृषि क्षेत्रलाई उदार, प्रतिस्पर्धात्मक एवं बजारमुखी बनाउन सहजीकरण गरी आन्तरीक एवं वाह्य ब्यापारबाट प्राप्त प्रतिफललाई जनस्तरमा पु¥याउने, कृषि तथा वन जन्य वस्तुहरुको आयातलाई नियमन गरी कृषि विकास संग आवद्ध गर्दै निर्यात प्रवद्र्धनमा जोड दिई स्वस्थ कृषि तथा वन जन्य वस्तुहरुको कारोवारलाई प्रोत्साहन गरी कृषि क्षेत्रलाई ब्यवसायिकरण गर्न मद्दत पु¥याउनु नै क्वारेण्टिनको मुख्य उद्देश्य हो । क्वारेण्टिन कार्यालय, काँकरभिट्टाले निम्न उद्देश्यहरुसाथ काम गर्दै आएको छ ।
- तोकिएको मापदण्ड अनुसार स्वस्थ कृषि/वनजन्य वस्तुको ओसार–पसार गराउनु ।
- स्वस्थ र गुणस्तरीय बीउ विजनहरुको प्रवेशबाट उत्पादन वृद्धि गर्न सहयोग पुर्र्याउनु ।
- बिरुवा र बिरुवाजन्य उपजहरुको स्वस्थ्य आवागमन सुनिश्चित गर्ने ।
- शत्रु जिवहरुको प्रबेश, स्थापना र बिस्तारलाई नियमन गर्ने ।
- कृषिजन्य बस्तुहरुको व्यापार प्रबद्र्धन गर्न सहजीकरण गर्ने ।
- जैबिक बिबिधता संरक्षणमा टेवा पुर्र्याउने ।